代理報關公司是為企業提供報關服務的機構，其收費方式一般包括以下幾個方面：

1. 基礎費用：這部分費用是代理報關公司的基本服務費用，通常包括報關員工資、辦公場地租金、設備折舊等成本。

2. 關稅和增值稅：這是代理報關公司的主要收入來源。根據海關規定，企業需要向海關繳納相應的關稅和增值稅。代理報關公司會根據企業的貨物清單、發票等資料計算出應繳稅款，并代企業向海關申報繳納。

3. 手續費：除了上述兩個方面的費用外，代理報關公司還會收取一定的手續費用。這些手續費用通常包括報關單證制作費、清關服務費、倉儲服務費等。

需要注意的是，不同的代理報關公司收費標準可能存在差異。企業在選擇代理報關公司時，應該仔細了解其收費標準，并與代理報關公司進行充分的溝通和協商，以避免因為收費問題引發不必要的糾紛。